Einzelnukleotid-Polymorphismus. Ein einzelner Unterschied zwischen zwei Chromosomen an derselben Stelle im Genom. Zum Beispiel könnte an einer Position im Genom ein Chromosom ein A (das Nukleotid Adenin) und ein anderes Chromosom ein C (das Nukleotid Cytosin) haben..

Wie testen wir SNPs? 

Wir untersuchen SNPs in einzelnen Genomen. Als Cannabis diploid ist (dh zwei Kopien von jedem Chromosom hat), gibt es zwei mögliche Zustände für einen SNP: die Basen auf jedem Chromosom sind gleich (z. B. AA oder CC); oder die beiden Basen sind unterschiedlich (z. B. AC, GT). Die meisten SNPs werden als biallelisch kategorisiert, was bedeutet, dass wir bisher nur 2 der 4 möglichen Nukleotide an dieser Position im Genom beobachtet haben (z. B. A und C, A und G usw.). Im Fall von biallelischen SNPs haben wir drei mögliche Kombinationen von Nukleotiden, die wir Genotypen nennen. Zum Beispiel können wir bei einem SNP, für das wir immer nur A und C beobachtet haben, AA, AC und CC haben. Wenn der SNP einen Genotyp hat, bei dem beide Allele gleich sind (z. B. AA), nennen wir das eine Homozygote, und wenn der SNP einen Genotyp hat, bei dem die Allele unterschiedlich sind (z. B. AC), nennen wir das eine Heterozygote. Der von uns eingesetzte Assay fragt gleichzeitig Tausende von Positionen/SNPs im Genom ab, um festzustellen, in welchem ​​Zustand sich jeder SNP im Genom einer Probe befindet. Es gibt vier mögliche Ergebnisse für jedes SNP, es kann zu einem heterozygoten Genotyp führen (das Individuum hat unterschiedliche Nukleotide an dieser Position im Genom), es kann zu einem von zwei homozygoten Genotypen führen (das Individuum hat die gleiche Base auf beiden Chromosomen). an dieser Position), und schließlich könnte der Assay an dieser Stelle fehlschlagen. 

Die Anzahl der SNPs (Marker), die sich auf dem Lighthouse Genomics-Chip befinden und die gemessen/sequenziert werden. 

Die Anzahl der analysierten Marker, nachdem Filter angewendet wurden. 

Der Prozentsatz der SNPs, bei denen ein sicherer Genotyp für eine Probe angefordert wurde. An einem Locus, an dem kein Call durchgeführt werden konnte, das heißt, es gab keine Bindung an die Template-DNA, die Sonden versagten, die DNA war von zu geringer Qualität oder dieser Locus war in der Probe nicht vorhanden.  

Der Anteil der Loci, die in einer Probe homozygot waren. Ein SNP ist homozygot, wenn die Menge der Allele an diesem Locus identisch ist. 1 – obs_homozygotie = obs_homozygotie. 

Ein Maß für den Inzuchtgrad einer Probe. Es reicht von 0 bis 1. Es ist die Wahrscheinlichkeit, dass zwei Allele an einem beliebigen Locus durch Nachkommen identisch sind. Deutlicher ist die Wahrscheinlichkeit, dass, wenn das Individuum an einem Locus AA ist, dass beide Allele von demselben Chromosom eines Vorfahren stammen. Zum Beispiel können wir uns vorstellen, dass ein Individuum an einem Ort Aa ist, es das A an zwei seiner Nachkommen weitergibt, die beiden Nachkommen sich dann paaren und jeder seine Kopie des ursprünglichen A zu einem Nachkommen beiträgt, also ist der Nachkomme AA. In diesem Fall stammen die beiden Allele vom selben Chromosom des Großelternteils und sind somit identisch durch Abstammung.  

Dies ist ein Diagramm der Hauptkomponentenanalyse (PCA) der Genomdaten für Ihre Proben und die kuratierte Referenzpopulation von Lighthouse Genomics. PCA ist eine Methode zum Reduzieren hochdimensionaler Daten, wie z. B. SNP-Daten, in 2 oder 3 Dimensionen zur Visualisierung. Über der ersten Hauptkomponente haben wir die Achse der größten Variation, die zweite Hauptkomponente ist die zweite Achse mit der größten Variation usw. Proben, die genetisch ähnlich sind, liegen in der PCA nahe beieinander, und diejenigen, die unterschiedlich sind, werden weiter entfernt sein ein Teil. Es wird erwartet, dass Proben von Klonen an der gleichen Stelle auf dem PCA fallen, weshalb es möglicherweise nur 1 oder 2 farbige Punkte auf dem Diagramm gibt. 

Dies ist ein Diagramm, das die Größe der Identität nach Staat (IBS) zeigt, wenn Sie Ihre Probe mit einer Reihe von Referenzsorten bekannter Typen vergleichen. IBS ist ein Maß für das Verhältnis von SNPs, die zwei Sorten in einem gemeinsamen Zustand teilen. IBS variiert von 0 bis 1, wobei 0 bedeutet, dass sich alle Loci in unterschiedlichen Zuständen zwischen den beiden Proben befinden, und 1 bedeutet, dass alle Loci den gleichen Zustand zwischen zwei Proben haben. Bei der Untersuchung einer großen Anzahl von SNPs ist es umso wahrscheinlicher, dass die beiden Proben eng verwandt oder Klone sind, je höher der IBS (je näher an 1) ist. Dieses Diagramm gibt weder den Typ der Probe noch eine andere Klassifizierung der Probe an.